台湾清华大学内成立的“清华海峡探索院”，被台安一概门质疑遭到大陆所谓“浸透”，台教学工作主管部分、经济工作主管部分与台湾方面会构成所谓“项目幼组”，前去台湾清华大学等实行所谓彻查，并得出违反所谓“两岸合联条例”的结论。岛内议论一片哗然，纷纷挑剔“用政事力涉入、侵吞学术界，捣蛋两岸学术互换”。国台办此前也曾回应指出，这是政府抗议节造两岸寻常互换配合的又一恶例，这种倒行逆施不得人心。
归纳台媒报道，清华大学校友会与厦门市当局、北京清华大学正在新竹的台湾清华大学校内共设“清华海峡探索院”从事技艺研发、揽才EMC官方app下载、投资，却遭政府质疑违反所谓“两岸合联条例”，台湾教学工作主管部分已央求该办公室即刻终止运作，并将依法开罚新台币50万元。同时，该部分9日发函全台各大专校院，称两岸教学互换宗旨是鼓动互相剖析与疏导，应本着“平等互惠”准则，根据所谓“联系法例”。
中国民代郑正钤上周正在台立法机构质询台行政机构承担人时提到，清华大学的创筑源自于美国退还的庚子赔款，打点赔款的是中华教学文明基金会，至今台湾清华大学每年还收到庚子赔款支票，而和台教学工作主管部分承担人潘文忠居然都不领会。
郑正钤15日默示，正在执政下，这些史乘的借镜，正在位者果然绝不汗颜地说“不领会”，是赤裸裸地向国民涌现执政者的迂曲。
台大校长管中闵受访时默示，他要指示那些有职权或建议探问台湾清华大学这件事的人EMC官方app下载，两岸的学术互换或配合，过去是被勉励的，不行由于现正在不热爱，就反过来说十几年前是错的。
国台办措辞人朱凤莲正在10日实行的消息颁布会上对此默示，政府惯于以各种借故为两岸同胞互换配合成立攻击EMC官方app下载，络续地实行搅扰捣蛋。这是政府抗议节造两岸寻常互换配合的又一恶例，这种倒行逆施是不得人心的。（中国台湾网张玲）